Nació en el pueblo Frances de Figeac, hijo de un librero y de una enfermera, que a causa de un accidente se vería postrada en una silla de ruedas. Hermano mayor de Jean Francoise Champollion, arqueólogo que el 27 de septiembre de 1822 descifraría el alfabeto de los jeroglíficos empleados por los egipcios. Jacques Joseph Champollion subvencionaría los estudios de su hermano Jean Francoise. Fue secretario de monsieur Fourier, en 1814 sería destituido de sus cargos debido a la situación política de Francia, obligándole a refugiarse en su pueblo natal. En 1818 gracias a unos amigos parisinos regresa a Paris donde se coloco al servicio de monsieur Dacier, como secretario personal. Monsieur Dacier fue un helenista importante, que sería más tarde profesor de Jean Fracoise Champollion. Jacques Joseph Champollion publicaría los trabajos realizados por su hermano Jean Francoise.