Gran sacerdote de Amón. Comandante del Ejército del Alto Egipto y Visir, era hijo de Menkheperre y de su esposa Istemkheb I. Se casó con su sobrina Nesikhonsu, que le daría una hija de nombre Nesitanebtashru que desempeñaría altos cargos religiosos y había sido Jefe del harén real, y con su hermana Istemkheb IV, con quien tendría a Henuttauy, que sería Esposa del dios, y a Kharuebun, de quien nos ha llegado su momia y un ejemplar del Libro de los Muertos. Pinedjem II desempeñó su pontificado en tiempos del faraón Siamón, perteneciente a la Dinastía XXI que reinaba en la ciudad de Tanis. La política desarrollada por Pinedjem II fue la de continuar posibilitando los pactos económicos entre las grandes familias tebanas, la presión social cedió con lo que se vivieron tiempos más fáciles. No obstante los casos de corrupción en la administración continuaron produciéndose, hasta que uno de ellos fue denunciado, en el cual hubo de intervenir el propio Pnedjem II, según se conoce por un extenso texto que se halla grabado en el X pilono de Karnak. Durante los últimos días de su pontificado se acordó retirar algunas de las momias reales que se habían colocado en la tumba de Sethi I y depositarlas en la tumba de la reina Inhapi con el fin de evitar nuevas profanaciones. Pninedjem II no pudo asistir a tal hecho, ya que murió el día anterior al fijado para tal evento. Pinedjem II fue enterrado tambíen en al tumba de Inhapi en Deir el-Bahari, como consecuencia de su fallecimiento inesperado, junto a su primera esposa Nesikhonsu. Algunos egiptólogos hacen de Pinedjem II el padre de Psusenes II, ultimo faraón de la XXI Dinastía.